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PPGCA087 - TÓPICOS ESPECIAIS EM ANÁLISE DE DADOS EM MELHORAMENTO GENÉTICO ANIMAL - Turma: 01 (2019.2)

Tópicos Aulas
Tabulação e edição de banco de dados para análise genética (14/10/2019 - 14/10/2019)
   Programa para renumeração dos dados 
  Programa Corrigido 
OK!!!!
  Programa Corrigido 
OK!!!!
Efeitos aleatórios e Formação de Grupos de Contemporâneos (Efeitos fixos) (15/10/2019 - 15/10/2019)
Uso do software para edição do banco de dados (Introdução ao uso do SAS) / Renumeração da Matriz dos Numeradores do Coeficientes de Parentesco de Wright (16/10/2019 - 16/10/2019)
Equações de Modelos Mistos, Modelo Animal, BLUP, REML (17/10/2019 - 17/10/2019)
Softwares para estimação de Componentes de Variância e Predição dos EBVs dos animais (18/10/2019 - 18/10/2019)

RENUMF90 - um programa de renumeração que também pode verificar pedigrees e designar grupos de pai desconhecidos; suporta grandes conjuntos de dados.

BLUPF90 - BLUP na memória.

REMLF90 – EM (maximização das esperaças) REML acelerado.

AIREMLF90 - Média de informações REML com várias opções, incluindo EM-REML e variâncias residuais heterogêneas (S. Tsuruta).

GIBBSF90 - implementação simples da amostragem de Gibbs - não genômica.

GIBBS1F90 - como acima, mas mais rápido para criar equações de modelos mistos apenas uma vez.

GIBBS2F90 - como acima, mas com amostragem conjunta de efeitos correlacionados.

GIBBS3F90 - como acima, com suporte para variâncias residuais heterogêneas.

POSTGIBBSF90 - estatísticas e gráficos para análise pós-Gibbs (S. Tsuruta)

THRGIBBSF90 - Amostragem de Gibbs para qualquer combinação de caracteristicas categóricas e lineares (D. Lee) - sem genômica

THRGIBBS1F90 - como acima, mas simplificado com várias opções (S. Tsuruta)

THRGIBBS3F90 - como acima com variâncias residuais heterogêneas para características lineares

INBUPGF90 - um programa para calcular os coeficientes de endogamia com pedigree incompleto (I. Aguilar).

SEEKPARENTF90 - um programa para verificar paternidade e descoberta dos pais usando marcadores SNP (I. Aguilar).

QCF90 - uma ferramenta de controle de qualidade em genótipos e informações de pedigree (Y. Masuda)

BLUPF90TEST (novo BLUPF90) - um programa combinado de blupf90, remlf90 e airemlf90: em teste

GIBBSF90TEST (new GIBBSF90) - um programa combinado de gibbs2f90, gibbs3f90, thrgibbs1f90 e thrgibbs3f90: em teste.

PREGSF90 - pré-processador genômico que combina relações genômicas e genealógicas (I. Aguilar)

POSTGSF90 - pós-processador genômico que extrai soluções de SNP após avaliações genômicas (single step, GBLUP) (I. Aguilar)

  Avaliação Grupo 01 
Avaliação Grupo 01 (Entregar dia 18/12 via SIGAA) - ALBERTO ALEXANDRE DE SOUSA BORGES - ANNA KAROLINE DE SOUSA SANTOS - DAYANE PEREIRA DE CASTRO - FRANCISCO ALBIR LIMA JUNIOR
  Avaliação Grupo 02 
Avaliação Grupo 02 (Entregar dia 18/09 Via Sigaa) - GABRIELA CAROLINE COELHO SILVA - GEANDRO CARVALHO CASTRO - JOSELICE DA SILVA PEREIRA - SANDRA ISABEL CASTANEDA CAGUANA
Frequências da Turma
# Matrícula OUT Total
14 16 17 18
1 2019100**** 0 0 0 0 0
2 2019100**** 0 0 0 0 0
3 2019100**** 0 0 0 0 0
4 2019100**** 0 0 0 0 0
5 2019100**** 0 0 0 0 0
6 2019100**** 0 0 0 0 0
7 2019100**** 0 0 0 0 0
8 2018100**** 0 0 0 0 0
9 2019100**** 0 0 0 0 0
10 2018100**** 0 0 0 0 0
11 2018100**** 0 0 0 0 0
Notas da Turma
# Matrícula Unid. 1 Prova Final Resultado Faltas Situação
1 2019100**** 8,8 8.8 0 AM
2 2019100**** 8,8 8.8 0 AM
3 2019100**** 8,8 8.8 0 AM
4 2019100**** 8,8 8.8 0 AM
5 2019100**** 8,8 8.8 0 AM
6 2019100**** 8,8 8.8 0 AM
7 2018100**** 8,8 8.8 0 AM
8 2018100**** 8,8 8.8 0 AM
9 2019100**** 8,8 8.8 0 AM
10 2018100**** 8,8 8.8 0 AM
11 2019100**** 8,8 8.8 0 AM

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Plano de Curso

Nesta página é possível visualizar o plano de curso definido pelo docente para esta turma.

Dados da Disciplina
Ementa: x
Objetivos:
Metodologia de Ensino e Avaliação
Metodologia: A disciplina será desenvolvida por meio de atividades presenciais compreendendo aulas expositivas teóricas e práticas, assim como produções individuais e coletivas em sala de aula ou no laboratório de informática.
Teórica – Aulas expositivas do conteúdo teórico com apresentação e análise de dados e interpretação de resultados referentes a situações práticas e comuns no âmbito do melhoramento genético animal.
Prática – Utilização de softwares adequados para diferentes análises voltada ao melhoramento genético animal.
Procedimentos de Avaliação da Aprendizagem: A aprovação no componente curricular está condicionada ao rendimento acadêmico do discente, mensurado por meio da avaliação do ensino-aprendizagem e da assiduidade às atividades didáticas, que implica a contabilização de sua carga horária durante o período letivo.
A avaliação do rendimento acadêmico será feita por meio do acompanhamento do desempenho do pós-graduando com aplicação de uma prova prática e escrita (CONFECÇÃO DE ARTIGO CIENTÍFICO) com o auxílio das ferramentas computacionais utilizadas na aula.
Além disso, serão considerados os seguintes aspectos:
i) participação nas atividades propostas;
ii) interesse, assiduidade, pontualidade e qualidade do trabalho produzido.
O registro do rendimento acadêmico será realizado individualmente, independentemente dos instrumentos utilizados. O rendimento acadêmico será expresso em valores de 0,0 (zero) a 10,0 (dez), variando até a primeira casa decimal.
Será considerado aprovado no componente curricular o discente que obtiver frequência igual ou superior a 75% (setenta e cinco por cento) da carga horária do componente curricular e média aritmética igual ou superior a 7,0 (sete) nas avaliações.
Horário de atendimento: Quinta-Feira das 08:00 às 12:00 e das 14:00 às 18:00
Bibliografia: INDICADA
HENDERSON, C. R. Application of linear models in animal breeding. Ghelph, 1984. 385p.
ISIK, F.; HOLLAND, J.; MALTECCA, C. Genetic data analysis for plant and animal breeding. North Carolina State: Releigh, 2017. 510 p.
KAPS, M.; LAMBERSON, W. Biostatistics for Animal Science. London: CABI Publishing, 2004. 256p.
KHATIB, H. Molecular and Quantitative Animal Genetics, Madson: WILEY Blackwell, 2015. 331p.
MRODE, R.A.; THOMPSON, R. Linear models for the prediction of animal breeding values, 2rd ed. London: CABI Publishing, 2014. 360p.
SAXTON, A. Genetic Analysis of Complex Traits Using SAS®. Cary, NC: SAS Institute Inc. 2004.

COMPLEMENTAR
CRUZ, C.D.; REGAZZI, A.J.; CARNEIRO, P.C.S. Modelos biométricos aplicados ao melhoramento genético. Viçosa: UFV. 2004.
MAGNUSSON, W.; MOURÃO, G.; COSTA, F. Estatística sem matemática: a ligação entre as questões e a análise. 2 ed. Londrina: PLANTA, 2015. 214p.
RESENDE, M. D. V. Matemática e estatística na análise de experimentos e no melhoramento genético. Colombo: Embrapa, 2007.
Cronograma de Aulas

Início

Fim

 Descrição
14/10/2019
14/10/2019
Tabulação e edição de banco de dados para análise genética
15/10/2019
15/10/2019
Efeitos aleatórios e Formação de Grupos de Contemporâneos (Efeitos fixos)
16/10/2019
16/10/2019
Uso do software para edição do banco de dados (Introdução ao uso do SAS) / Renumeração da Matriz dos Numeradores do Coeficientes de Parentesco de Wright
17/10/2019
17/10/2019
Equações de Modelos Mistos, Modelo Animal, BLUP, REML
18/10/2019
18/10/2019
Softwares para estimação de Componentes de Variância e Predição dos EBVs dos animais
Avaliações
Data Descrição
18/10/2019 1ª Avaliação
: Referência consta na biblioteca
Referências Básicas
Tipo de material Descrição
Referências Complementares
Tipo de material Descrição
Notícias da Turma
: Visualizar

Título

Data
Início das Atividades 13/10/2019

SIGAA | Superintendência de Tecnologia da Informação - STI/UFPI - (86) 3215-1124 | sigjb03.ufpi.br.sigaa vSIGAA_3.12.1092 27/07/2024 13:27