A coencapsulação de microrganismos com funções complementares pode ampliar o desempenho de bioinoculantes, mas seus efeitos dependem da compatibilidade funcional entre os parceiros. Este estudo avaliou a encapsulação individual e a coencapsulação, em alginato de sódio, de duas estirpes de Bradyrhizobium brasilense (UFLA 06-19 e UFLA 06-22) e dois isolados de Trichoderma spp. (UFPIT04 e UFPIT13), bem como os efeitos das formulações na soja. A compatibilidade foi examinada por inoculações simultânea e sequencial, seguidas da caracterização das cápsulas e da recuperação microbiana. Em casa de vegetação, o experimento foi conduzido em blocos casualizados, com dez tratamentos e oito repetições. Avaliaram-se nodulação, crescimento, pigmentos fotossintéticos, nutrição mineral e componentes de produção. Todas as combinações apresentaram crescimento conjunto, sem halos de inibição. As cápsulas apresentaram massa e diâmetro médios de 22 mg e 3,11 mm e permitiram recuperar ambos os microrganismos das formulações coencapsuladas. UFLA 06-19 + UFPIT13 apresentou as maiores médias de número e massa seca de nódulos, com 11,50 nódulos planta⁻¹ e 0,455 g planta⁻¹, mas essa resposta não se converteu nas maiores biomassas radicular e total. UFLA 06-22 + UFPIT04 reuniu as maiores médias de massa seca radicular e total, com 11,52 e 23,28 g planta⁻¹, acúmulo consistente de nutrientes nas raízes, elevada eficiência de utilização de N e S e o maior peso de mil grãos, de 92,16 g. UFPIT04, isoladamente, apresentou os maiores valores absolutos de clorofila total, carotenoides e área foliar. Sob fornecimento de N mineral, UFPIT13 favoreceu a aquisição de N e apresentou o maior número de grãos e a maior produção, com 145,75 grãos e 11,03 g planta⁻¹, valor 64,4% superior ao controle fertilizado. A recuperação de B. brasilense e Trichoderma spp. a partir da mesma cápsula confirmou a compatibilidade dos microrganismos com a matriz de alginato. Entretanto, a coencapsulação não produziu respostas aditivas para todas as características avaliadas. O desenvolvimento dessas formulações para a soja deve, portanto, partir da seleção específica da estirpe bacteriana e do isolado fúngico de acordo com a resposta agronômica pretendida.