No campo das relações federativas e com a judicialização da política no enfrentamento à crise sanitária do Covid-19, a jurisprudência do Supremo Tribunal Federal (STF) afastou-se do caráter centralizador e passou a atribuir maior poder aos governadores e prefeitos. Nesse sentido, este trabalho tem como objetivo central analisar o porquê do rompimento, no contexto pandêmico, do padrão decisório do Supremo Tribunal Federal (STF), nas Ações Diretas de Inconstitucionalidade (ADI) que versam sobre conflitos federativos, especialmente nas que estão relacionadas à saúde pública. Para isso, a pesquisa será dividida em dois momentos. Primeiro, serão analisadas as Ações Diretas de Inconstitucionalidade (ADI) ajuizadas no período entre 05 de outubro de 1988 e 31 de dezembro de 2021, a fim de demonstrar a mudança na jurisprudência acerca dos conflitos federativos; e, em um segundo momento, serão analisadas as possíveis causas que ensejaram essa mudança. Com isso, espera-se contribuir, no âmbito da Ciência Política, com a percepção do arranjo federativo e do papel político do Judiciário na gestão da crise sanitária, ante à singularidade do momento, como também para fins de registro histórico. Dessa forma, este estudo se beneficiará da coleta de dados das técnicas de análise documental (acórdãos proferidos pelo Tribunal Pleno do Supremo Tribunal Federal), bem como das técnicas de análise de conteúdo e de process-tracing. A técnica de process-tracing visa um mapeamento de cadeias causais que conectam determinados fenômenos a determinados resultados. Assim, a partir desta análise, foi possível verificar que a mudança no padrão decisório está diretamente ligada à atuação dissonante do governo federal em relação ao trabalho de enfrentamento da pandemia realizado pelos demais entes da federação, estimulando práticas contrárias àquelas comprovadas por evidências científicas.