A busca por alimentos de alta qualidade e sustentabilidade tem intensificado estudos sobre os impactos dos sistemas de manejo e da genética na produção láctea. O alelo A2 da β-caseína, associado a benefícios à saúde, e os sistemas de manejo orgânico e convencional apresentam potenciais influências sobre a composição do leite e do colostro, exigindo maior compreensão para atender às demandas de mercados especializados. Assim, o objetivo deste estudo foi investigar as diferenças entre os sistemas de manejo convencional e orgânico em vacas mestiças, com foco na composição físico-química do leite e colostro, além da influência dos alelos A2 da β-caseína na qualidade desses produtos. Foram avaliados parâmetros como gordura (GOR-L e GOR-C), proteína tota PROT-L e PROT-C), lactose (LAC-L e LAC-C), densidade (DEN-L e DEN-C), pH (pH-L e pH-C) e extrato seco desengordurado (ESD-L e ESD-C) no leite e no colostro, respectivamente, provenientes de quatro grupos (1, 2, 3 e 4) de ordens de lactação e dois sistemas distintos de manejo (CON: convencional; ORG: orgânico). A análise estatística conduzida pelo teste t, com correção de Bonferroni com nível de significância de 5%, pelos procedimentos PROC GLM e PROC GENMOD do pelo software estatísticos SAS (Statistical Analysis System® Academy). Em sistema de manejo CON, o leite apresentou maiores percentuais nos parâmetros PROT, LAC, ESD e DEN quando comparado ao sistema ORG. Já quanto ao colostro, o sistema que apresentou maior percentual em GOR foi o ORG. Com relação aos grupos de ordens de lactação e os parâmetros avaliados em leite, o grupo 3 teve o maior percentual em GOR, e o grupo 1 e 4 maiores resultados em ESD. No que se refere ao colostro o grupo 2 e 3 de ordens de lactação apresentaram maiores percentuais nos parâmetros PROT, LAC, ESD e DEN. Evidenciando que a experiência produtiva das vacas interfere diretamente na qualidade dos produtos lácteos. Além disso, foi constatada uma relação potencial entre os alelos A2 da β-caseína e a composição química, sugerindo que a genética exerce papel importante na definição da qualidade nutricional e funcional dos produtos analisados. Estes resultados reforçam a importância do manejo sustentável e da seleção genética no aprimoramento da produção leiteira, contribuindo para sistemas mais eficientes e produtos com maior valor agregado, alinhados às demandas de mercados específicos, como o de consumidores que buscam alimentos orgânicos e funcionais.