Os transtornos de ansiedade e depressão apresentam elevada prevalência entre crianças e adolescentes e podem repercutir negativamente no desenvolvimento, desempenho escolar, relações familiares e sociais e saúde mental ao longo da vida. Apesar de sua relevância, essas condições permanecem frequentemente subdiagnosticadas e subtratadas, o que reforça o papel estratégico da Atenção Primária à Saúde (APS) na identificação precoce, acompanhamento longitudinal e coordenação do cuidado. Este estudo teve como objetivo mapear as evidências disponíveis sobre triagem, diagnóstico e tratamento da ansiedade e depressão em crianças e adolescentes na APS e, a partir delas, construir um protocolo para o manejo dessas condições direcionado aos médicos desse nível de atenção. Trata-se de uma pesquisa aplicada de desenvolvimento tecnológico, desenvolvida em duas etapas. A primeira consistiu em uma revisão de escopo, conduzida conforme as recomendações do Joanna Briggs Institute e reportada segundo o PRISMA-ScR. Os critérios de elegibilidade foram definidos com base no acrônimo PCC, contemplando crianças e adolescentes, transtornos de ansiedade e/ou depressão e estratégias de triagem, diagnóstico e tratamento aplicáveis à APS. As buscas foram realizadas nas bases Consensus, MEDLINE, LILACS e Cochrane Library, mediante utilização de descritores DeCS/MeSH e operadores booleanos. Na segunda etapa, foi elaborado um protocolo assistencial fundamentado nas evidências identificadas e estruturado conforme roteiro da Secretaria de Estado de Saúde do Distrito Federal, incluindo fluxogramas para orientação das condutas clínicas. Foram identificados 419 registros, dos quais 30 estudos compuseram a amostra final da revisão. As evidências apontaram a utilização de instrumentos padronizados associados à avaliação clínica; a relevância da terapia cognitivo-comportamental e de intervenções psicossociais, familiares e escolares; o uso criterioso de psicofármacos; e a necessidade de integração do cuidado entre APS, família, escola e serviços especializados. Foram identificadas lacunas relacionadas à efetividade das estratégias de triagem, à padronização do diagnóstico e à disponibilidade de estudos diretamente aplicáveis ao contexto da APS. A partir da síntese das evidências, foi construído um protocolo que sistematiza a triagem, avaliação diagnóstica, classificação da gravidade, intervenções farmacológicas e não farmacológicas, acompanhamento e critérios para encaminhamento ambulatorial ou de urgência. Conclui-se que o protocolo desenvolvido reúne e organiza evidências relevantes para subsidiar a tomada de decisão clínica no manejo da ansiedade e depressão em crianças e adolescentes na APS, com potencial para reduzir a variabilidade das condutas e favorecer a segurança, a resolutividade e a continuidade do cuidado. Recomenda-se que sua implementação seja acompanhada de estratégias de capacitação profissional, articulação da rede de atenção e monitoramento, bem como de posterior validação de conteúdo e avaliação de sua aplicabilidade.