A espécie Pilocarpus microphyllus (popular jaborandi) pertence à família Rutaceae, sendo uma planta com ocorrência natural, principalmente nas regiões norte e nordeste do país, com uma grande quantidade de alcaloides presentes em suas folhas e alguns com aplicações conhecidas. A utilização de produtos naturais (fitoterápicos ou fitofármacos) para o tratamento de doenças tem atraído à atenção dos consumidores, devido ao seu poder terapêutico e o baixo custo de aquisição. Assim, o presente trabalho tem como objetivo realizar uma investigação in silico das afinidades de ligação, propriedades físico-químicas, perfil farmacocinético e toxicológico dos alcaloides do jaborandi e complexos de Ru (II) frente às proteases esterol 14α-desmetilase e cruzaína do Trypanosoma cruzi, além da protease Mpro do SARS-CoV-2. Os cálculos de otimização geométrica e frequência dos compostos foram realizados com o pacote computacional Gaussian 09, usando o método DFT e o funcional de correlação B3LYP, associados aos conjuntos de base 6-31+G(d, p), 6-31++G(d, p), 6-311++G(d, p) e LanL2DZ para o metal Ru. Os cálculos de docking molecular foram executados com os softwares AutoDock Vina e AutoDock 4.2. As simulações de dinâmica molecular foram realizadas utilizando o campo de força GROMOS96 53a6 implementado no pacote GROMACS 2018.1. O método MM-PBSA foi aplicado para calcular a energia de ligação através do software g_mmpbsa. As predições ADMET foram estimadas por meio das plataformas FAF-Drugs4, SwissADME, PreADMET, Molinspiration e PASS Online. Os valores estimados para as energias de ligação dos alcaloides isopilosina e epiisopiloturina complexados a protease esterol 14α-desmetilase apresentam as melhores atividades em contato com os resíduos de aminoácidos do sitio catalítico (Ala258, Pro326, His265, Ala262, Leu327, Met431) e o grupo Hem449, além de uma boa absorção intestinal humana, baixa penetração na barreira hematoencefálica e ação antiprotozoária. Na investigação das interações com o alvo Mpro da SARS-CoV-2, verificou-se uma boa reatividade química e estabilidade energética da epiisopiloturina e epiisopilosina com os principais resíduos de aminoácidos do sítio ativo (His41, Met49, Gly143, Cys145, His163, His164, Glu166 e Gln189), além da ação antiviral e ausência de toxicidade dos alcaloides. No estudo dos complexos de rutênio (II), os compostos c2, b1, b2 e c1 apresentam os melhores resultados de ΔGbind frente à cruzaína, realizando importantes ligações químicas com os resíduos de aminoácidos Cys25, Gln19, Gly66, Gly23 e Trp26. Contudo, o b1 e c1 respeitam a regra de Lipinski, possuem alta absorção intestinal humana, ação antiprotozoária e antitóxica. Portanto, o estudo ao analisar a capacidade de interação, a farmacocinética e a toxicidade dos alcaloides do jaborandi e dos complexos de Ru (II), mostra o pontencial desses compostos diante dos principais alvos da doença de Chagas e da COVID-19. Tornando-os compostos líderes para as aplicações em testes in vitro e in vivo, e com isso acelerando o pocesso e reduzindo os custos no planejamento e desenvolvimento de novos fármacos.