O feijão-fava (Phaseolus lunatus L.) é uma das principais leguminosas cultivadas na região tropical, além de ser uma importante fonte alimentar para o Nordeste do Brasil. As viroses são fatores limitantes à produção de feijão-fava provocando danos que podem reduzir a produtividade, devido à dificuldade de controle e às formas eficientes de disseminação dos patógenos. No entanto, não são bem conhecidos os vírus que infectem naturalmente o feijão-fava. Assim, o objetivo deste estudo foi identificar a ocorrência natural de vírus com genoma de RNA, em campos de produção de feijão-fava nos estados do Piauí e Ceará, além de caracterizar por análises filogenéticas e sintomatológicas as espécies identificadas. Foram coletadas 55 amostras foliares de feijão-fava com sintomas de mosaico e deformação foliar nos estados do Piauí e Ceará, durante a estação de cultivo dos anos de 2017 e 2018. Foram realizadas RT-PCR com oligonucleotídeos específicos para Cucumber mosaic virus (CMV) e Cowpea mild mottle virus (CPMMV) e oligonucleotídeos degenerados para potyvírus e comovírus. Os fragmentos amplificados de tamanhos esperados foram purificados e sequenciados em ambas as direções. As sequências editadas foram comparadas com aquelas depositadas no GenBank. Árvores filogenéticas foram geradas utilizando o método de máxima verossimilhança. As sequências nucleotídicas e de aminoácidos deduzidos foram comparados entre os isolados obtidos neste estudo com sequências de isolados referência. Foram obtidas quatro espécies de vírus infectando naturalmente o feijão-fava: Cucumber mosaic virus (CMV), Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV), Cowpea severe mosaic virus (CPSMV) e Cowpea mild mottle virus (CPMMV), os quais apresentaram taxa de infecção simples de 20% para o CMV, 34,5% para o CABMV, 1,81% para o CPSMV e para o CPMMV 50,9%, respectivamente. Taxas de infecções duplas foram observadas entre CMV e CABMV (3,63%), CMV e CPMMV (16,3%), CABMV e CPMMV (12,7%). E infecção múltipla entre CMV, CABMV e CPMMV de 1,8%. A comparação das sequências nucleotídicas (nt) de 11 isolados de CMV revelou identidade de 96 a 100% entre si, e de 96 a 99% com isolados referência do Subgrupo I e 80 a 81% com os isolados do Subgrupo II. Todos os isolados de CMV agruparam com isolados referência do Subgrupo IA com 93% de bootstrap. Os 19 isolados de CABMV possuem identidade de sequência nt com isolados cadastrados no GenBank, variando de 82 a 99%. Quando comparados entre si, os isolados também apresentaram elevada identidade de sequência nt de 81 a 100% e identidade de aminoácidos (aa) de 92 a 100%. Os isolados de CABMV agruparam com isolados brasileiros, africano e indiano, com 100% de bootstrap. Apenas uma amostra de feijão-fava apresentou infecção com CPSMV. Essa amostra apresentou maior identidade (92% nt e 88% aa) com o isolado CPSMV PY2, obtido de sésamo no Paraguai. Estes resultados comprovam a ocorrência natural de CMV, CABMV e CPMMV em plantas de feijão-fava nos estados do Piauí e Ceará, e do CPSMV no estado do Piauí. Os isolados de CMV e CABMV apresentaram baixa variabilidade genética.