A abelha-sem-ferrão Melipona (Melikerriae) fasciculata, Smith (Tiuba, Uruçu cinzenta) apresenta-se distribuída no Norte e Nordeste do Brasil, aonde sua exploração vem tendo destaque pela importância econômica e ecológica. Porém, com a degradação ambiental ocorrida nos últimos anos, a espécie corre o risco de sofrer sérios problemas com a diminuição dos estoques populacionais, sendo necessárias estratégias eficientes que ajudem na sua manutenção. Para auxiliar nesse processo, a disponibilidade de marcadores moleculares para estudos populacionais com a espécie M. fasciculata torna-se essencial, principalmente no que se refere ao uso de marcadores de origem mitocondrial e microssatélites. Dessa forma, com o presente estudo de tese objetivou-se, caracterizar o mitogenoma da abelha M. fasciculata, desenvolver e validar marcadores microssatélites específicos para a espécie, e avaliar a variabilidade e estruturação genética das populações de abelhas da espécie Melipona fasciculata originárias dos meliponários oriundos de localidades do Piauí, Pará e Maranhão. Para isso por meio de sequenciamento de baixa cobertura (Next-Generation) gerou-se plataforma composta de sequências fragmentadas, os quais foram submetidos a softwares específicos para a montagem e avaliação do mitogenoma, bem como a identificação e seleção de regiões microssatélites, potenciais para estudos populacionais. No geral, gerou-se mitogenoma de 14.753 bp, obtendo-se 13 genes PCGs, 21 genes de tRNAs e dois genes de RNA ribossomal, com total de 86,6 % de AT. Todos os PCGs mostraram-se aptos para estudos filogenéticos, inclusive quando se concatenou todos eles em uma única sequência. De um total de 47.081 contigs obtidos na plataforma geral, 9.954 deles apresentavam regiões microssatélites (nuclear), com 11.869 microssatélites. Das seis unidades repetitivas básicas, as três mais frequentes foram os mono- (54,29%), di- (27,17%), e trinucleotídeos (6,18%). Do tri- e tetranucleotideos obtidos, os motifs mais abundantes foram, AG (86,38 bp/Mb) e AAGA (64,15 bp/Mb), respectivamente. Dentre todos os microssatélites tri- e tetranucleotideos identificados, desenhou-se 37 pares de primers específicos, sendo que desses obtivemos 17 pares que amplificaram loci polimórficos, os quais demonstraram ser úteis para estudos populacionais. Ao selecionarmos cinco marcadores específicos e sete heteroespecíficos mais polimórficos para os estudos populacionais, verificou-se uma moderada estruturação (FST=0,07) entre as populações amostradas, sendo que as que demonstraram maior grau de diversidade genética foram as oriundas do estado do Maranhão. Com esse estudo obteve-se um conjunto de novas ferramentas para estudos populacionais com abelhas-sem-ferrão, tanto a nível nuclear como mitocondrial, sendo que realizando um estudo mais detalhado detectou-se que as populações de abelhas M. fasciculata, presente no Norte e Nordeste tem uma estreita relação genética, com as populações do Maranhão se destacando pelo alto nível de variabilidade genética.