Os ovinos fazem parte do grupo de pequenos ruminantes suscetíveis à infecções parasitárias gastrintestinais causadas por nematelmintos, sendo isso um entrave para a eficiência dos sistemas de produção de carne ovina. Devido ao uso indiscriminado de anti-helmínticos, cada vez mais os parasitas têm sofrido seleção para resistência aos princípios ativos, o que vem colaborando para a ineficácia das drogas disponíveis para o tratamento químico das infecções parasitárias. Além disso, a administração inadequada de fármacos pode provocar problemas ambientais e de segurança alimentar. Uma alternativa ao controle químico da verminose consiste na identificação de possíveis genes que participam do controle da resistência a endoparasitas em ovinos para ajudar na identificação de animais geneticamente resistentes aos parasitas gastrintestinais. Objetivou-se com esta pesquisa identificar e propor genes candidatos à resistência a endoparasitas gastrintestinais em ovinos. Para tanto foi proposta uma analise comparativa de genomas, onde é possível identificar a similaridade entre trechos genômicos que se mantiveram conservados em diferentes espécies ao longo dos tempos. A ferramenta de busca e alinhamento local, BLASTn, foi utilizada a fim de comparar seis janelas do genoma da espécie Ovis aries que possuem SNPs associados com resistência a endoparasitas gastrintestinais, e alinhá-las com o genoma das espécies Capra hircus, Bos taurus, Sus scrofa, Mus musculus e Homo sapiens, na busca por similaridades. O BLASTn gerou um total de 346.099 alinhamentos, e que após passar por filtragem de e-value, identidade e razão entre o tamanho do alinhamento e o tamanho do gene, restaram apenas 281 alinhamentos significativos. A análise dos alinhamentos apontou que 12 genes das demais espécies alinharam com as janelas do genoma ovino, permitindo assim a confirmação e extrapolação de informações entre os mapas das diferentes espécies. Em relação aos genes candidatos, encontrou-se um total de 5 genes envolvidos com processos imunológicos nas demais espécies, onde um deles alinhou por completo com um gene ovino, e os outros 4 não alinharam com nenhum gene, possibilitando assim, que estes genes sejam propostos como candidatos para a espécie ovina, mas que ainda não são caracterizados. Conclui-se então, que o uso da Bioinformática juntamente com informações de marcadores moleculares pode contribuir para que novos genes possam ser propostos como candidatos para a característica resistência a endoparasitas gastrintestinais para a espécie ovina.