A utilização de probióticos, a base de leveduras, como a Saccharomyces cerevisiae, que quando acrescentadas a alimentos contaminados apresentem potencial de adsorção de micotoxinas, apresenta-se como alternativa para minimizar o impacto negativo destes contaminantes na sanidade animal. A grande utilização de meios artificiais de cultivo de micro-organismos fez crescer a preocupação com a manutenção de culturas viáveis, visto que culturas microbiológicas são sensíveis às condições ambientais, podendo haver perda de sua viabilidade. A implementação de métodos eficientes de preservação de espécies microbianas, como a microencapsulação, busca manter essa viabilidade e a estabilidade a longo prazo, promovendo proteção contra condições adversas. Dessa forma, este trabalho teve como objetivo testar a interferência dos processos de microencapsulação por spray drying e por extrusão sobre a viabilidade da S. cerevisiae A8L2, isolada de viveiros de piscicultura, armazenada sob diferentes temperaturas (4,0°C, ambiente [entre 18 e 30°C] e 35°C), referente a capacidade probiótica e potencial adsorvente, in vitro, de Aflatoxina B1 (AFB1) e Ocratoxina A (OTA). Após 60 dias, a levedura microencapsulada por ambos os métodos, apresentou contagem de células viáveis acima do mínimo recomendado para o emprego como agente probiótico em alimentos, de 106 UFC/g, nas três temperaturas de armazenamento, propiciando subsídios para a realização dos testes probióticos e adsorventes. Na temperatura de 35°C observou-se que as contagens de células sofreram maiores reduções e apresentaram menores valores ao final de 60 dias, indicando ser uma condição de armazenamento mais agressiva à levedura, sendo a menos indicada entre as três condições analisadas. As leveduras microencapsuladas foram submetidas aos seguintes testes para avaliação da capacidade probiótica: inibição de micro-organismos patogênicos, auto-agregação e capacidade de co-agregação, bem como ao testes de adsorção in vitro de AFB1 e OTA. Constatou-se que a Saccharomyces cerevisiae A8L2 microencapsulada através dos métodos spray drying e extrusão, utilizando como agentes encapsulantes a maltodextrina e o alginato de sódio, respctivamente, apresentou resultados satisfatórios para capacidade probiótica e adsorção in vitro de AFB1 e OTA, nas condições de armazenamento especificadas, mantendo as propriedades após os processamentos tecnológicos, fornecendo subsídios para que as duas técnicas e possam ser utilizadas na conservação de micro-organismos, potencializando o uso da levedura como agente probiótico e adsorvente de micotoxinas em testes in vivo, mesmo quando armazenadas em diferentes condições de temperatura.