A ovinocutura de corte no Brasil tem sido um setor de grande potencial, impulsionado por um mercado interno em expansão e um rebanho que atingiu 21,51 milhões de cabeças em 2022. Dentre as raças ovina, a Santa Inês é uma das mais adapatadas a região nordeste. O estudo da estrutura genética populacional dessa raça é fundamental para identificar fatores que influenciam o histórico genético, descrever a evolução da endogamia, entender o relacionamento genético entre indivíduos e monitorar a diversidade genética. A perda de diversidade genética pode resultar em um platô na produção e também pode resultar em perda de aptidão ou viabilidade na produção animal. Assim, esta pesquisa objetivou avaliar a estrutura genômica populacional da raça, bem como identificar ilhas de ROH de autozigosidade genômica supostamente visados por seleção direcional na espécie. Os seis rebanhos avaliados apresentaram índices de diferenciação populacional considerando rebanhos par-a-par variando entre 0,0342 e 0,0938. O fluxo gênico demonstrou que existe intenso fluxo (0,89 e 1) entre os rebanhos 2 e 3, que são da mesma cidade. Os valores médios para endogamia (Fis) e os índices de diferenciação genética (Fst) foram -0,05 e 0,06 respectivamente, observados na estatística F para cada um dos loci analisados nos seis rebanhos de ovinos. Esses resultados indicam que a diversidade está concentrada dentro das populações. Após as simulações usando o método de agrupamento bayesiano, estatisticamente o K mais provável detectado foi igual a 5, onde os rebanhos 4 e 6 formam um grupo genético. As análises de ROH identificaram uma assinatura de seleção para os cinco grupos genéticos no cromossomo 16. Quando se aumentou o nível de precisão (90%) para pertencer aos grupos genéticos foram encontradas 8 regiões em assinatura de seleção nos cromossomos 2, 3, 6, 7, 12, 16, e 18. Pode-se concluir que as amostras dos seis rebanhos formam cinco populações genéticas com um nível de diversidade que tem sido conservado. Os genes encontrados na região em assinatura de seleção do cromossomo 16 estão ligados a diversas funções, incluindo características de produção de leite e gordura, imunidade, metabolismo e regulação do ciclo celular.