Apesar do declínio nos índices de cárie dentária, a Cárie na Primeira Infância (ECC) tem aumentado em alguns países. Quando se manifesta em menores de três anos é considerada ECC severa, tem evolução rápida e demanda tratamentos de alto custo. Portanto faz-se necessário buscar métodos de prevenção e controle acessíveis a populações vulneráveis. Objetivo: Avaliar a eficácia clínica do verniz e gel fluoretado neutro no controle de cárie na primeira infância. Métodos: Ensaio controlado randomizado cego que comparou duas estratégias para o controle da ECC: aplicação tópica três vezes ao ano de verniz (grupo VF) e gel fluoretado neutro (grupo GF), associadas à orientação de higiene bucal direcionada aos pais ou responsáveis durante 12 meses. Participaram crianças na faixa etária de três a quatro anos, frequentadores de creches públicas de Teresina, Piauí. Inicialmente e após 12 meses, a saúde bucal das crianças foi avaliada pelos índices: Índice de Placa Visível (IPV), Sangramento Gengival (SG) e a de cárie dentária pelo índice ceos em dois níveis (c2 em esmalte e c3 em dentina), usando o Sistema Internacional de Diagnóstico e Avaliação de Cárie (ICDAS). Foram realizadas análises descritivas, testes Qui-quadrado de Pearson, Exato de Fisher e Mann-Whitney. O nível de significância foi fixado em 5% (p<0,05). Resultados: Ao final de 12 meses, 108 e 105 pré-escolares dos grupos GF e VF foram acompanhados. No grupo GF e VF, três (4,7%) e seis (8,2%) crianças, respectivamente, possuíam os dentes hígidos, mas desenvolveram lesão após 12 meses (p>0,05). No início as médias de c²eos (dp) e c³eos (dp) foram 2,63 (±4,87) e 2,11 (±4,22) para grupo GF, e 1,77(±3,98) e 1,40 (3,57) para o grupo VF, respectivamente (p>0,05). Após 12 meses as médias de c²eos (dp) e c³eos (dp) foram 3,99 (±7,07) e 3,71 (±6,84) para grupo GF, e 3,10 (±6,16) e 2,80 (±5,97) para o grupo VF, respectivamente (p>0,05). Ao comparar as médias de IPV e SG iniciais e após 12 meses não houve diferença entre os grupos (p>0,05). Conclusão: A eficácia do gel fluoretado neutro foi similar à do verniz fluoretado no controle da Cárie na Primeira Infância.