Introdução: O controle da microbiota patogênica tem papel fundamental na terapia dos canais radiculares. A utilização de solução irrigadora com propriedades antimicrobianas aliadas a terapias adjuvantes exerce papel importante durante o preparo biomecânico.Objetivo: avaliaro efeito da associaçãoentreIrrigação ultrassônica passiva (PUI) à microemulsão contendo Clorexidina e óleo essencial de alecrim pimenta (Lippiasidoides) em relação à atividade antimicrobiana e à substantividade. Método: Os grupos de estudo foram divididos em microemulsão contendo clorexidina e óleo essencial de alecrim pimenta (Lippiasidoides) (Grupo 1), Gel comercial de clorexidina a 2% (Grupo 2). Cada grupo foi subdividido em A (com agitação ultrassônica) e B (sem agitação ultrassônica), e testados nas condições estabelecidas por meio de um planejamento fatorial 2³. Os parâmetros utilizados para a utilização do ultrassom foram a potência de ativação, o tempo e a quantidade de ciclos de ativação. Estes foram utilizados nos ensaios de liberação in vitro e de substantividade, avaliação da atividade antimicrobiana por meio de testes de concentração inibitória mínima e difusão em placa de ágar MuelerHinton.Resultados: O uso da ativação ultrassônica influenciou (p<0,05) no ensaio de substantividade, onde a quantidade de clorexidina presente em dentina quando a agitação ultrassônica foi utilizada na microemulsão aumentou em 80%. Em relação a atividade antibacteriana contra Enterococcusfaecalishouve similaridade ao comparar a microemulsão com o gel comercial de clorexidina a 2%. Ao avaliar ação antifúngica por meio do teste de difusão em placas de Ágar MuelerHinton a microemulsão obteve resultados superiores ao da clorexidina comercial em gel a 2%(p<0,05). Conclusão:O uso do ultrassom influencia na substantividade da microemulsão. A microemulsão tem potencial promissor enquanto solução irrigadora dos canais radiculares devido a paridade em relação a atividade antimicrobiana e superioridade quanto a ação antifúngica.