A mucosite intestinal (MI) é um efeito colateral comum do tratamento quimioterápico com 5-Fluorouracil (5-FU), que leva os pacientes a sofrerem de náuseas, vômitos, diarreia, dor e perda de peso, acarretando um risco aumentado de morte. Ainda não existe tratamento efetivo para a MI, e os produtos naturais têm sido amplamente pesquisados. A Epiisopiloturina (EPI) é um alcaloide derivado da Pilocarpus microphyllus Stapf ex Wardleworth que tem sido reportado com potencial antinociceptivo, anti-helmíntico, anti-inflamatório e antioxidante. Neste contexto, o presente estudo objetiva avaliar o efeito da EPI na MI induzida por 5-FU. Foram utilizados camundongos Swiss (25-30g), divididos inicialmente em 4 grupos (n=6), DMSO-(Dimetilsulfóxido i.p) substância veículo 1 mg/kg, grupo 5-FU (450 mg/kg i.p) e grupos EPI 1 (1mg/kg i.p) e EPI 10 (10 mg/kg i.p), os animais foram submetidos a indução da mucosite intestinal por meio da administração do 5-FU (450 mg/kg), e receberam o tratamento por quatro dias consecutivos após a indução, no quinto dia os animais foram eutanasiados e realizou-se a remoção do duodeno, jejuno e íleo para avaliação da mucosite, através dos parâmetros de variação ponderal, análise histopatológica e morfométrica, avaliação anti-inflamatória, realizadas por meio da contagem do número de mastócitos. Após essa fase selecionou-se a dose de 10 mg/kg e segmento jejuno para a execução do segundo protocolo que utilizou cinco grupos experimentais: DMSO, 5-FU, Celecoxibe (CLX), EPI 10, EPI 10 + CLX, o material biológico foi retirado e avaliou-se a atividade antioxidante por dosagem de Malondialdeido (MDA), a produção de muco (coloração PAS), além do envolvimento da COX-2 na MI por meio de imunohistoquímica. Verificou-se que a EPI na dose de 10 mg/kg no jejuno foi capaz de atenuar a perda de peso, reverter as alterações morfométricas e histopatológicas, diminuir o número de mastócitos, reduzir a dosagem de MDA, aumentar as células produtoras de muco, observou-se ainda a diminuição estatisticamente significante da área imunomarcada para COX-2. Diante disto, constatou-se que a EPI apresenta um efeito protetor na mucosa intestinal, por demonstrar propriedades antioxidantes e anti-inflamatórias em modelo de mucosite intestinal induzida por 5-FU, com envolvimento da COX-2.