Alterações corticais decorrentes do treinamento físico e diferenças na estimativa do tempo de praticantes e não praticantes de atividade física já foram documentadas, e não é conhecido estudos que compararam as respostas corticais da estimativa do tempo. Dessa forma, o objetivo deste estudo foi investigar a influência do nível de atividade física na estimativa do tempo e na atividade da banda beta em regiões frontais, especificamente no córtex pré-frontal dorsolateral, córtex pré-frontal ventrolateral e córtex parietal durante a tarefa de estimativa do tempo. Dezessete praticantes e dezessete não praticantes de atividade física compuseram a amostra. No primeiro dia de coleta foi realizada a caracterização da amostra e no segundo dia a captação do sinal eletroencefalográfico durante uma tarefa de estimativa do tempo de quatro intervalos de suprassegundos. Os resultados indicaram que os praticantes de atividade física apresentaram menor variabilidade e menores erros na avaliação do tempo para o intervalo de 4s (p= 0,013) e 9s (p= 0,001), respectivamente. A atividade da banda beta apresentou diferença estatisticamente significativa entre os grupos em todos os intervalos analisados (p<0,05) e uma menor atividade da banda beta foi encontrada nos praticantes de atividade física. A correlação entre o desempenho na tarefa e a potência absoluta da banda beta foi significativa e positiva na tarefa de estimativa do tempo nos intervalos de 7s (ρ = 0,16, p = 0,001) e 9s (ρ = 0,13, p = 0,001). Conclui-se que indivíduos envolvidos na prática regular de atividade física apresentaram menor potência absoluta da banda beta durante a estimativa do tempo e obtiveram melhor desempenho no julgamento temporal. Esses resultados aumentam o conhecimento acerca das evidências neuropsicofisiologicas da percepção do tempo em praticantes e não praticantes de atividade física.