A busca por práticas agrícolas sustentáveis tem impulsionado o uso de sistemas de manejo que favoreçam a saúde do solo e o funcionamento dos processos biológicos. Neste estudo, avaliou-se o impacto dos sistemas de plantio direto (NT) e da integração lavoura-pecuária (ICL) sobre atributos microbiológicos do solo e a estrutura das comunidades procarióticas na rizosfera da soja. Foram quantificados o carbono da biomassa microbiana (MBC), a atividade de enzimas relacionadas ao ciclo de nutrientes (fosfatase, urease), bem como a diversidade, estrutura e funções potenciais das comunidades bacterianas e arqueanas. As amostragens ao longo de um ano permitiram analisar a influência da sazonalidade. Os resultados indicaram que o sistema de manejo, o tempo de amostragem e sua interação influenciaram significativamente o MBC e a atividade enzimática. O sistema NT apresentou maior atividade de fosfatase e urease na maioria dos períodos, enquanto o ICL exibiu maior MBC, refletindo os efeitos das sucessões de culturas e do pastejo sobre a dinâmica microbiana. A composição do microbioma rizosférico da soja foi fortemente modulada pelas práticas de manejo e pelas culturas antecessoras. A rizosfera da soja sob NT apresentou um microbioma mais semelhante ao solo não-rizosférico, com maior conectividade microbiana e forte associação com atributos funcionais como MBC e atividade enzimática. Em contraste, a rizosfera sob ICL formou um microbioma distinto, influenciado por capim e milho, com menor conectividade, porém enriquecido em táxons específicos. As análises funcionais preditivas revelaram um perfil diferenciado de genes associados ao ciclo do nitrogênio, com destaque para maior abundância de genes relacionados à fixação biológica e assimilação de nitrato na rizosfera da soja. Esses achados demonstram que a dinâmica microbiológica do solo e a montagem do microbioma rizosférico são fortemente influenciadas pelas práticas de manejo e pela sazonalidade. Compreender essas interações é essencial para o desenvolvimento de estratégias agrícolas mais eficientes e sustentáveis, capazes de otimizar os serviços ecossistêmicos mediados por microrganismos e promover a produtividade e resiliência dos agroecossistemas tropicais.