A coencapsulação de microrganismos promotores de crescimento representa uma estratégia promissora para aumentar a estabilidade e a eficiência de bioinoculantes agrícolas. Este estudo avaliou a encapsulação individual e a coencapsulação de estirpes de Bradyrhizobium brasilense (UFLA 06-19 e UFLA 06-22) e isolados de Trichoderma spp. (UFPIT04 e UFPIT13). em matriz de alginato de sódio, visando sua aplicação na cultura da soja. As cápsulas foram produzidas por gelificação iônica e testadas em casa de vegetação, em delineamento em blocos casualizados, com dez tratamentos e oito repetições. Foram avaliados parâmetros de nodulação, crescimento, pigmentos fotossintéticos, nutrição mineral, componentes de produção e produtividade. A resposta da soja foi dependente da combinação microbiana utilizada. A coencapsulação UFLA 06-19 + UFPIT13 promoveu o maior número e massa seca de nódulos, evidenciando efeito positivo sobre a nodulação. Por outro lado, UFLA 06-22 + UFPIT04 favoreceu a massa seca radicular, a biomassa total e a massa de mil grãos. O isolado Trichoderma sp. UFPIT13 destacou-se pelo maior acúmulo de nitrogênio na parte aérea, maior número de grãos e maior produção por planta, superando os controles. A análise multivariada confirmou diferenças significativas entre os tratamentos e indicou perfis funcionais distintos entre as formulações. Conclui-se que a encapsulação em alginato é uma estratégia viável para formulações individuais e combinadas de B. brasilensee Trichoderma spp.; entretanto, os benefícios da coencapsulação dependem da compatibilidade específica entre os diferentes microrganismos.