Os objetivos deste estudo consistiram em estimar a prevalência de anticorpos anti-Chlamydia abortus e anti-Toxoplasma gondii, bem como identificar os principais fatores de risco associados à infecção em caprinos pertencentes à principal bacia leiteira do Nordeste brasileiro, localizadas nos estados da Paraíba e Pernambuco. Foram analisadas 937 amostras sorológicas provenientes de 51 propriedades para a detecção de anticorpos anti-Toxoplasma gondii, utilizando o kit comercial Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA) (IDEXX®, Laboratory). O mesmo conjunto de amostras, oriundo das mesmas propriedades e estados, foi empregado para a investigação sorológica de anticorpos anti-Chlamydia abortus. O diagnóstico de Chlamydia abortus foi realizado por meio do teste ELISA indireto, utilizando o kit comercial Chlamydia abortus (IDEXX®, Laboratory). A obtenção dos dados epidemiológicos ocorreu mediante a aplicação de um questionário estruturado, contemplando informações referentes ao manejo zootécnico, às condições sanitárias e às características ambientais das propriedades avaliadas. Anticorpos anti-Toxoplasma gondii foram detectados em 18,5% (173/937) das amostras analisadas nos dois estados. Em nível de propriedade, observou-se que 72,5% (39/51) apresentaram pelo menos um animal soropositivo para a infecção. As variáveis armazenamento de alimentos (p<0,05; OR=0,421), presença de gatos (p<0,05; OR=2,840), ausência de assistência técnica (p<0,05; OR=0,437), tipo de exploração (p<0,05; OR=0,506), sistema de criação (p<0,05; OR=0,350), participação em feiras e leilões (p<0,05; OR=2,001) e capacitação técnica (p<0,05; OR=0,402) apresentaram associação estatisticamente significativa com a ocorrência da infecção, evidenciando sua relevância como potenciais fatores de risco. A prevalência de Chlamydia abortus nos dois estados avaliados foi de 16,1% (151/937). No nível de propriedade, observou-se que 70,5% (36/51) apresentaram pelo menos um animal soropositivo para a infecção. As variáveis participação em feiras e leilões (p < 0,05; OR = 2,099), utilização de monta natural (p < 0,05; OR = 0,423) e idade dos machos destinados à reprodução (p<0,05; OR = 1,276) apresentaram associação estatisticamente significativa com a ocorrência da enfermidade, configurando-se como fatores relevantes associados ao risco de infecção. As prevalências observadas neste estudo são epidemiologicamente relevantes, uma vez que a infecção por Toxoplasma gondii e Chlamydia abortus em caprinos compromete o desempenho produtivo e a rentabilidade dos sistemas de produção, estando associada a distúrbios reprodutivos, como abortos, malformações fetais, natimortalidade e nascimento de crias debilitadas, além de representar risco à saúde pública devido ao seu caráter zoonótico. Dessa forma, torna-se imprescindível a adoção de medidas sanitárias e de manejo reprodutivo compatíveis com a realidade das propriedades, visando à prevenção e ao controle da disseminação dessas enfermidades nos rebanhos.