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Banca de QUALIFICAÇÃO: BRUNA LIMA BARBOSA

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: BRUNA LIMA BARBOSA
DATA: 20/03/2020
HORA: 14:00
LOCAL: Núcleo de Pós-Graduação do CCA
TÍTULO: MÉTODOS DE ASSOCIAÇÃO E SELEÇÃO GENÔMICA AMPLA COM DIFERENTES ESTRUTURAS GENÉTICAS E TAMANHOS POPULACIONAIS EM OVINOS
PALAVRAS-CHAVES: GWAS, QTL, SNP, SSGBLUP
PÁGINAS: 80
GRANDE ÁREA: Ciências Agrárias
ÁREA: Zootecnia
SUBÁREA: Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
RESUMO:

O objetivo desse estudo foi avaliar o poder de detecção de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs) em associação com característica semelhante à Área de Olho de Lombo (AOL), em Ovis aires, por meio de um Estudo de Associação Genômica Ampla em passo único (single-step GWAS). As abordagens do p-valor exato e janelas fixas de 8,10 e 15 SNPs adjacentes, em diferentes cenários com tamanhos populacionais e número de animais genotipados distintos. As informações de pedigree, genotípicas e fenotípicas foram geradas por meio de simulações baseadas em estimativas reais de herdabilidade e variância fenotípica para AOL. Dois painéis de SNPs de baixa (12k) e média (50k) densidades foram utilizados. A herdabilidade do QTL foi de 0,18 (60% da herdabilidade da AOL), quando considerada a presença de 2.014 QTLs distribuídos aleatoriamente nos cromossomos. O genoma simulado foi constituído de 26 cromossomos autossômicos distribuídos de forma equidistante em cada um dos painéis de marcadores bialélicos, com tamanho total de 2.656 cM. A estrutura populacional avaliada foi composta de animais das três últimas gerações selecionados para constituírem os 12 cenários propostos de acordo com o painel e a quantidade de informações genotípicas disponíveis (200, 400, 1.000, 2.000, 5.000 e 10.000 animais genotipados). No modelo unicaracterístico utilizado, considerou-se como efeito de sexo, como fixo, e o efeito de animal como aleatório, com níveis variando de acordo com cada cenário. O valor de significância para o efeito dos SNPs em relação a característica avaliada para os Manhattan plot foram obtidos pela correção de Bonferroni numa escala -log10 do p-valor (5%). As distribuições de p-valores foram plotadas em Q-Qplots e as posições do QTLs estimadas comparadas com aquelas dos QTLs simulados. As herdabilidades variaram de 0,22 a 0,34 nos cenários para painel de 12k e de 0,27 a 0,31 naqueles referentes ao de 50k. Com uso da metodologia do p-valor exato, não foram identificadas regiões genômicas significativamente associadas, com base em um limiar de significância de 5,35 para as estruturas com o chip de 12k. Observou-se associação significativa apenas no cenário referente a 10 mil animais genotipados e com todas as informações de pedigree e fenótipo para o painel de densidade média, sendo o pico significativo localizado no cromossomo 18 (da posição 56.428.170 a 56.880.400 pares de bases) com p-valor na escala –log10 de 2,88941, correspondendo aos valores simulados entre 55.309.020 e 56.910.820 bp no mesmo cromossomo. O Q-Qplot para esse cenário confirmou a baixa correspondência entre o estimado e o simulado de acordo com o desvio da hipótese nula. Ainda sobre o mesmo cenário, os Manhattan plots gerados pela porcentagem de variância genética aditiva explicada mostraram que, de acordo com um limiar arbitrário de 0,10%, nas janelas de 8 SNPs adjacentes apresentaram associações nos cromossomos 1, 2, 4, 5, 8, 9, 10, 13, 18 e 21; ao assumir  janelas com 10 SNP’s as associações foram observadas nos cromossomos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10, 11, 14, 18, 20 e 25; ao passo que ao utilizar janelas  com 15 SNPs adjacentes as associações foram observadas nos cromossomos 1, 2, 3, 4, 5, 8, 9, 10, 12, 15, 16, 17 e 18 para. QTLs significativos nos cromossomos foram observados no cenário com maior número de animais genotipados e painel de densidade média. Os cenários com o chip de 12k não apresentaram nenhuma associação com a característica pelo p-valor exato. Os gráficos relativos a porcentagem de variância explicada mostraram QTLs associados em todos os cromossomos, sendo os maiores picos variando de 0,4 a 0,5% da variância  explicada, localizados nos cromossomos 9 (entre 90.136.990 e 92.294.520 bp) e 12 (entre 11.779.990 e 13.858.700bp) correspondendo, respectivamente, as regiões simuladas de 89.202.800 e 90.589.310 bp e entre 9592800 e 14206280 bp. Os resultados obtidos com os picos significativos foram compreendidos entre as regiões mostradas pelos QTLs simulados, embora o número de QTL’s simulados tenha sido muito maior do que os estimados.


MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1550485 - JOSE LINDENBERG ROCHA SARMENTO
Interno - 2993761 - NATANAEL PEREIRA DA SILVA SANTOS
Externo ao Programa - 1737174 - FABIO BARROS BRITTO
Notícia cadastrada em: 12/03/2020 09:53
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