Banca de DEFESA: BRUNA LIMA BARBOSA

Uma banca de DEFESA de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: BRUNA LIMA BARBOSA
DATA: 12/11/2020
HORA: 14:00
LOCAL: Sala Virtual no Google Meet
TÍTULO: Associação e seleção Genômica ampla em ovinos com diferentes estruturas genéticas e tamanhos populacionais
PALAVRAS-CHAVES: acurácia, GWAS, Ovis aries, predição genômica, SNPs, ssGBLUP
PÁGINAS: 80
GRANDE ÁREA: Ciências Agrárias
ÁREA: Zootecnia
SUBÁREA: Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
RESUMO:

A utilização de dados simulados é essencial para o desenvolvimento de métodos genômicos e avaliação de cenários que seriam inviáveis com o uso de dados reais. Neste estudo, objetivou-se avaliar a detecção de QTLs associados a um fenótipo semelhante à área de olho de lombo (AOL), assim como a eficiência da seleção genômica em ovinos (Ovis aries) para AOL, com uso o uso com diferentes estruturas genéticas, tamanhos populacionais e números de animais genotipados. No Capítulo 1, os QTLs foram detectados por estudo de associação genômica ampla com uso do método single-step GWAS e abordagem do p-valor exato, com informações geradas por meio de simulações baseadas em parâmetros de dados reais de AOL. Painéis simulados de SNPs de três densidades diferentes foram utilizados com base na estrutura do genoma ovino. Animais das três últimas gerações constituíram 48 cenários propostos de acordo com o painel de SNPs, quantidade de QTLs e número de animais genotipados. A significância de efeitos de SNPs foi obtida pela correção de Bonferroni e taxa de falsa descoberta. Verificou-se que quanto maior a quantidade de animais genotipados e SNPs no painel, maior a possibilidade de detecção de associações verdadeiras entre os SNPs significativos e os QTLs simulados. Com 2.014 QTLs, os cenários com o painel de alta densidade proporcionaram maior quantidade de detecções verdadeiras. Com 114 QTLs, geralmente, observou-se pelo menos uma associação verdadeira, com picos maiores nos cenários com maior quantidade de animais. Portanto, a abordagem do p-valor exato possibilitou a detecção de pelo menos uma associação verdadeira entre SNPs e QTLs simulados. No Capítulo 2, dois painéis de SNPs (12k e 50k) foram utilizados. Diferentes tamanhos de populações de referência e validação compuseram seis cenários diferentes para cada painel. O método single-step GBLUP foi utilizado para a estimação dos efeitos dos SNPs sobre AOL. A acurácia preditiva foi obtida pela correlação de Pearson entre os valores genéticos genômicos estimados (GEBVs) e verdadeiros (TBVs), bem como pelos coeficientes de regressão e viés de predição. As estimativas de herdabilidade variaram de 0,17 a 0,38. Os cenários com uso do painel de maior densidade resultaram em maiores estimativas de herdabilidade. As acurácias foram superestimadas e subestimadas, apresentaram baixa magnitude e foram maiores nos cenários com estruturas populacionais compostas por maior número de animais genotipados na população de treinamento. Os cenários com maiores estimativas de herdabilidade e menores acurácias tiveram maiores vieses de predição. As estimativas de acurácia menos viesadas foram obtidas em cenários com maior número de animais genotipados na população de referência.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1550485 - JOSE LINDENBERG ROCHA SARMENTO
Interno - 2993761 - NATANAEL PEREIRA DA SILVA SANTOS
Externo ao Programa - 1737174 - FABIO BARROS BRITTO
Externo à Instituição - GLEYSON VIEIRA DOS SANTOS - UEMA
Externo à Instituição - LUIZ ANTONIO SILVA FIGUEIREDO FILHO - IFMA
Externo à Instituição - LUIZ FERNANDO BRITO - PURDUE