Introdução: A manipulação vertebral é uma técnica de terapia manual caracterizada pela aplicação de impulsos articulares de pequena amplitude e alta velocidade, com potencial para promover efeitos biomecânicos e neurofisiológicos. O salto vertical é um teste funcional amplamente utilizado por profissionais da saúde e pesquisadores para avaliação do desempenho neuromuscular dos membros inferiores, permitindo a estimativa de variáveis biomecânicas relacionadas à aptidão física em diferentes populações. Objetivo: Avaliar os efeitos agudos de um protocolo de manipulações da coluna vertebral na altura do salto vertical de corredores amadores com histórico recente de dor na coluna vertebral. Métodos: Trata-se de um ensaio clínico randomizado, simples-cego, controlado por sham, com avaliação pré e pós-intervenção. A amostra foi composta por 40 corredores amadores com histórico recente de dor na coluna vertebral, randomizados em dois grupos: grupo manipulação (n = 20), que recebeu um protocolo de manipulação vertebral, e grupo sham (n = 20), submetido a um procedimento simulado. Foram realizados os testes de saltos verticais Squat Jump (SJ) e Countermovement Jump (CMJ) pré e após a intervenção, avaliados pelo aplicativo My Jump, a pesquisa foi aprovada pelo Comitê de Ética em Pesquisa (parecer nº 85110624.4.0000.0192). Resultados: No Countermovement Jump, o grupo submetido à manipulação vertebral apresentou aumento significativo da altura do salto (34,66 ± 8,37 vs. 38,59 ± 7,75 cm; p < 0,001) e da potência (2096,83 ± 408,09 vs. 2443,63 ± 590,72 W; p < 0,001), enquanto não foram observadas alterações significativas no grupo sham. No Squat Jump, foi observada interação significativa entre grupo e tempo apenas para a velocidade (p = 0,004), sem diferenças significativas para a altura do salto, potência, força, impulso e tempo de voo. Conclusão: A manipulação vertebral promoveu melhora aguda do desempenho no Countermovement Jump, com aumento da altura do salto e da potência, sugerindo efeitos positivos sobre o desempenho neuromuscular. No entanto, não produziu melhorias consistentes no Squat Jump, indicando que seus efeitos podem estar relacionados principalmente aos mecanismos do ciclo alongamento-encurtamento.