O PPGAnt é sustentado pelos seguintes núcleos e grupos de pesquisa, aos quais os docentes e discentes do Programa estão associados:
Grupo de Pesquisa sobre Identidades Coletivas, Conhecimentos Tradicionais e
Processos de Territorialização (ICP)
Coordenadora: Profa. Dra. Carmen Lúcia Silva Lima
Grupo de Pesquisa em Antropologia, Diversidade, Interculturalidade e Educação (GPADIE)
Grupo de Pesquisa em Antropologia, Política e Economia (GAPE)
Coordenadores: Prof. Dr. Carlos Roberto Filadelfo de Aquino e Prof. Dr. Celso de Brito
Grupo de Pesquisa em Antropologia Social e Interseccionalidades (ANTROPOS)
Coordenadora: Profa Dra. Mariane da Silva Pisani
Núcleo de Estudos sobre Arte e Religião (NEAR)
Coordenador: Prof. Dr. Bruno Ferraz Bartel