O ensino superior tem importante papel no que tange ao desenvolvimento econômico e social do país. Assim, as universidades devem buscar atingir os melhores resultados, cumprindo sua função no ensino, pesquisa e extensão. Para avaliar o desempenho e eficiência dessas instituições, podem-se utilizar indicadores, ressaltando-se que um indicador por si mesmo não é capaz de fornecer informação suficiente para a tomada de decisão, devendo-se para tal relacioná-lo com outros indicadores. Este trabalho tem o propósito de avaliar a eficiência das universidades federais das regiões Nordeste e Sudeste, a partir da comparação entre os indicadores de desempenho instituídos pelo TCU para as IFES. Busca ainda averiguar os indicadores considerados como insumos que possuem maior impacto sobre os indicadores considerados como produtos e identificar a relação entre eles. Para atingir os objetivos propostos, esta pesquisa aplicará as técnicas de análise de regressão linear múltipla e análise envoltória de dados (DEA), a partir dos resultados dos indicadores obtidos pelas universidades federais das regiões Nordeste e Sudeste do Brasil no período de 2012 a 2015.