O trato gastrointestinal (TGI) integra funções digestivas e imunológicas, sendo diretamente afetado nas doenças inflamatórias intestinais (DII), como a Doença de Crohn. O nervo vago modula a resposta imune intestinal por meio do reflexo colinérgico anti-inflamatório, e sua interrupção pela vagotomia compromete essa regulação, favorecendo a exacerbação da inflamação. O objetivo do trabalho foi investigar o efeito da vagotomia subdiafragmática sobre a função gastrointestinal, os parâmetros autonômicos, nutricionais e o estresse oxidativo na saúde e em uma situação de doença de Crohn em modelos animais. Ratos Wistar machos, divididos em Controle, Vagotomia Subdiafragmática (VGX), Doença de Crohn e Vagotomia Subdiafragmática + Doença de Crohn (VGX+Crohn). A vagotomia subdiafragmática foi realizada por meio de secção dos troncos vagais anteriores e posteriores do esofágico, a (1,0–1,5 cm) acima da cárdia. A doença de Crohn foi induzida por injeção intraileal de TNBS. Após 7 dias do procedimento cirúrgico, avaliamos a motilidade gastrointestinal, a função cardíaca (ECG), os parâmetros nutricionais, a composição corporal e o estresse oxidativo em todos os grupos. Todos os procedimentos foram aprovados pela Comissão de Ética no Uso de Animais da Universidade Federal do Piauí (CEUA-UFPI) sob o número de protocolo 687/21. O grupo VGX reduziu (p < 0,05) a média de peso corporal em comparação ao Controle (252,8 ± 1,11 g vs. 286,6 ± 2,70 g), enquanto VGX+Crohn atenuou a perda de peso em comparação com a doença de Crohn (254,5 ± 1,09 g vs. 270,3 ± 1,72 g). Na composição corporal, foi observado um aumento (p<0,05) na água corporal total (46,32±2,17 vs. 34,77±4,10%), fluido extracelular (46,81±0,42 vs. 35,26±3,92%), massa livre de gordura (63,28±2,97 vs. 47,47±5,61%) entre VGX e Controle. VGX aumentou (p<0,05) a retenção gástrica (42,44±2,88% vs. 29,09±2,75%) e a retenção duodenal (36,93±2,71% vs. 24,84±1,56%) em comparação ao Controle. VGX+Crohn aumentou (p<0,05) a retenção no íleo em comparação com o grupo Crohn (28,48±5,95 vs. 14,08±0,88%). No ECG, VGX+Crohn diminuiu (p<0,05) a frequência cardíaca (315,4±7,22 vs. 368,6±8,13 bpm) e aumentou o intervalo R-R (0,188±0,00 vs. 0,164±0,003 s) em comparação com o grupo Crohn. O componente HF da variabilidade da frequência cardíaca aumentou (p<0,05) no grupo VGX (55,37±6,00 vs. 31,52±6,45%), e houve uma redução na razão LF/HF (0,32±0,03 vs. 0,70±0,10%) em comparação com Controle. O VGX aumentou (p<0,05) as concentrações de Nox (300,9±19,98μM vs. 204,07±19,62μM) e MPO (7,71±2,13 vs. 3,74±0,71U/mg) no íleo, enquanto diminuiu (p<0,05) a GSH (18,1±0,71 vs. 22,06±1,70NPSH/mg). A vagotomia subdiafragmática alterou a composição corporal e reduziu peso, retardou o esvaziamento gástrico e duodenal, promoveu disfunções autonômicas, afetou o peso de órgãos, reduziu a temperatura corporal e aumentou o estresse oxidativo em tecidos intestinais e adiposos. Em modelo de vagotomia associada à doença de Crohn, houve atenuação da perda de peso, retenção no íleo, alterações autonômicas e aumento de estresse oxidativo.