O feijão-caupi possui grande importância econômico-social no Brasil, especialmente na região Nordeste. Entretanto, a produção dessa cultura é frequentemente limitada devido ao ataque de

fitopatógenos, entre os quais o cowpea severe mosaic virus (CPSMV), agente etiológico do mosaico severo do feijão-caupi, destaca-se por causar perdas significativas de produção. Apesar da ampla distribuição geográfica do CPSMV nas principais regiões produtoras de feijão-caupi do Brasil, pouco se conhece sobre sua diversidade genética, estrutura populacional e os fatores evolutivos que moldam suas populações naturais. Nesse contexto, o presente estudo teve como objetivo caracterizar a diversidade genética e investigar a estrutura populacional do CPSMV, bem como inferir os principais processos evolutivos envolvidos na dinâmica de suas populações. Para isso, foram analisadas sequências nucleotídicas de três regiões genômicas do vírus: a região compreendendo a porção final da helicase, a VPg e a porção inicial da protease (Hel-Pro), o gene da proteína de movimento (MP) e o gene da proteína capsidial (CP), obtidas de isolados provenientes de diferentes estados brasileiros. As análises revelaram elevada diversidade genética em todas as regiões avaliadas, evidenciada pelos altos valores de diversidade haplotípica e pelo grande número de sítios polimórficos e haplótipos identificados. As análises filogenéticas, de estrutura populacional (Structure e DAPC) e de diferenciação genética evidenciaram a existência de agrupamentos genéticos distintos, porém sem associação consistente com a origem geográfica dos isolados, sugerindo ampla circulação de linhagens virais entre diferentes regiões. Na região Hel-Pro foi observada diferenciação temporal entre isolados históricos e recentes, indicando alterações na composição genética da população viral ao longo do período amostrado. Em todas as regiões analisadas, os baixos valores de dN/dS, a predominância de códons sob seleção negativa e a detecção de apenas um evento de recombinação indicaram que a seleção purificadora constitui a principal força evolutiva atuando sobre a população estudada, enquanto a recombinação parece desempenhar papel secundário na geração da variabilidade genética observada. Em conjunto, os resultados demonstram que as populações de CPSMV apresentam elevada diversidade genética associada à conservação funcional de proteínas essenciais, fornecendo assim informações relevantes para a compreensão da evolução, epidemiologia e manejo desse importante patógeno do